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上海交通大学新华临床医学院为医院教学主管部门，院长由医院院长兼任，新华临床医学院的前身系1952年成立的上海第二医学院儿科系，1958年建院的同时，整体迁入医院，首任系主任由我国儿科泰斗高镜朗先生担任。2005年上海第二医科大学（原上海第二医学院）与上海交通大学合并后，更名为上海交通大学新华临床医学院。2010年，医院率先在上海交通大学医学院系统内实施“大教育”管理模式，将本科/长学制教学、研究生培养、毕业后医学教育、继续医学教育归口至临床医学院。

医院设有内、外、妇、儿等25个教研室，承担临床医学、临床医学（本博连读）、儿科学专业“5+3”、食品卫生与营养等专业教学任务。拥有国家级精品课程《儿科学》、上海市精品课程《耳鼻咽喉科学》《小儿外科学》《急诊医学》，《皮肤病与性病学》获上海高校市级重点课程立项。近年来多次获得上海市、上海交通大学教学成果奖。医院在儿科教学方面具有明显的优势和特色，是国家卫健委规划教材《小儿内科学》《小儿外科学》的第一主编单位。医院整合上海交通大学系统儿科优质资源，牵头成立国内规模最大的儿科学院——上海交通大学医学院儿科学院。

开展临床模拟实训教学近20年，通过美国心脏协会（AHA）认证的基础/高级生命支持导师15名。

截止2023年12月31日，医院拥有博士点19个，硕士点22个，博导93人，硕导148人；

医院有国家级住院医师规范化培训专业基地23个、国家级专科医师规范化培训专业基地7个、上海市专科医师规范化培训专业基地41个；儿科学是上海交通大学医学院唯一的市级专业学位研究生示范实践基地，急诊医学是上海交通大学医学院的专业学位研究生实践基地。每年有超过1600名本科及长学制、研究生、规培生在读或在培。

六十五载栉风沐雨，新华人厚植爱国情怀；六十五载沧桑更迭，新华人实践“报效祖国，服务人民”。